هيأت مؤسس اين دانشگاه را همان دوستان انقلابی تشکيل می‌دادند؛ شخصيت‌هايي چون حضرت آية الله خامنه‌اي دام ظله العالي و حضرات آيات مرحوم مشكيني، مهدوي كني، اميني، امامي كاشاني، نوری همدانی و ... و برخی ديگر همچون آقایان دکتر اسرافيليان، نويد، خانيان و مرحوم معينی. رياست عاليه هيأت امنای دانشگاه با مرحوم آيت‌الله منتظری بود که پس از برکناری ايشان از قائم‌مقامی رهبری، عملا از اين منصب نيز کنار نهاده شدند.
رياست اين دانشگاه بر عهده حضرت آيت الله مهدوي کني، شاگرد و يار ديرين حضرت امام خميني (ره) قرار گرفت و تا کنون نيز ادامه دارد. از همان بدو تأسيس ايشان با بهره از فقیه برجسته حضرت آیت الله باقری کنی، برادر بزرگوارشان و از شاگردان امام خمينی (ره) به عنوان قائم‌مقام به اداره اين دانشگاه پرداختند و در اين مسير بسياری از دوستان انقلابی ايشان را یاری نمودند که از جمله ايشان می‌توان به حجت الاسلام و المسلمين سید احمد علم الهدی، معاون سابق آموزشی دانشگاه و امام جمعه فعلی مشهد مقدس، اشاره کرد.