همانگونه که گذشت دانشجويان اين دانشگاه حجم قابل توجهی از دروس حوزوی را در ضمن واحد‌های درسی خود پشت سر می‌گذارند. گرچه عناوين دروس و بسياری از سر فصل‌های دروس معارف اسلامی در دانشگاه با دروس حوزه‌های علميه هم‌پوشانی دارد لکن اين بدان معنا نيست که در طراحی اين دروس دقیقا همان الگو و همان سرفصل‌ها با همان حجم پياده شده است بلکه دروس حوزوی و معارف اسلامی در دانشگاه به صورت بومی‌سازی شده مورد تدريس قرار می‌گيرد.
 |
| مراسم عمامه‌گذاري توسط آيت‌الله مهدوي كني 1374 |
لذا در برخی عناوين درسی همانند تفسیر قرآن کريم دانشجويان حجم بيشتری از دروس رسمی طلاب آموزش می‌بينند و برخی دروس همانند ادبيات عربی يا فقه و اصول فقه (در برخی از رشته‌ها) به نسبت سرفصل‌های دروس حوزوی مقدار کمتری را پوشش می‌دهند.
 |
| عمامه‌گذاري استاد قانع رييس فعلي حوزه دانشجويي در سال 1385 |
بر اساس اين مسأله تاکنون برخی دانش‌آموختگان دانشگاه با توجه به علاقمندی شخصی خود برای ادامه تحصيلات حوزوی و تکميل توانمندی‌های خود در معارف اسلامی پس از فراغت از تحصيل در دانشگاه یا در حين آن، به طور رسمی به تحصيل در حوزه علميه پرداخته‌اند و هم‌اکنون از طلاب فاضل حوزه علميه به حساب می‌آيند.
همچنين در طی سال‌های گوناگون فعاليت دانشگاه امام صادق (علیه السلام) برخی از دانش‌آموختگان و دانشجويان علاقمند به صورت داوطلبانه، به کسوت روحانيت در آمدند و اين لباس مقدس را در راستای اهداف علمی و تبليغی دانشگاه به تن کردند.
در سال‌های اخير اقبال دانشجويان اين دانشگاه به ادامه تحصيل در مقاطع بالاتر حوزوی افزون‌تر شد لکن با توجه به برخی نقائص در دروس معارف اسلامی دانشگاه در مقایسه با دروس رسمی حوزه علميه قم، مسؤولين دانشگاه با هماهنگی مرکز مديريت حوزه علميه قم اقدام به تأسيس «حوزه دانشجويي» دانشگاه امام صادق (عليه السلام)کردند. در اين حوزه، دانشجويان علاقمند به فراخور وضيعت درسی دانشگاهی خود می‌توانند به صورت موازی تحصيلات حوزوی خود را تکميل کنند و درس‌های باقيمانده را بر اساس روش طلبگی بياموزند.